在自闭症ABA疗法中，惩罚可以快速、持续的抑制行为问题。
在下列情况下，惩罚对自闭症孩子来说，是一种行为处理的选择：1、问题行为产生严重的身体伤害，而且必须立刻被抑制；2、正面的干预并未将问题行为降低到可接受的程度；3、维持问题行为的强化物无法被确认或封锁。
在自闭症ABA疗法中，如果一定要使用惩罚，须尽可能按照步骤确保惩罚刺激是有效的。以下的几条原则可以协助家长或老师有效地应用惩罚，并使副作用和问题最小化。
一、选择有效和适合的惩罚物
通常来说，惩罚的强度越大，行为立即停止并完全消失的可能性就越大，而且未来行为恢复的可能性也越低。但是这不能一概而论，惩罚物的强度往往是相对自闭症孩子先前的状态而言的。刚开始就有足够强度的惩罚刺激很重要，因为强度逐渐增加时，自闭症孩子可能会适应惩罚刺激。比如，对孩子一开始的惩罚刺激是3秒钟的有限活动，再以每次增加3秒钟逐渐增加至15秒，对于孩子的自伤行为可能是无效的。总之，惩罚物的强度不能根据厌恶刺激的量来判断，而要结合自闭症孩子的特点来评价。
二、在行为一开始就给予强化物
一开始就惩罚自闭症孩子的不适当行为，比完成一连串不适当行为再惩罚更加有效。一旦组成问题行为的反应序列被启动，完成每个步骤所产生的强有力的刺激强化物，可能会促使问题行为继续，从而抵消在行为结束后才予以惩罚所产生的禁止或抑制效果。因此，惩罚刺激应当呈现在行为顺序初始，而不是最后出现。比如，如果自闭症孩子有强烈的手臂晃动是自伤的征兆，惩罚（反应阻挡、束缚）应该在他一开始挥动手臂时就给予。
三、逐渐转换至间歇惩罚
虽然最有效的惩罚在于，惩罚物立即出现在每个问题行为之后，但是连续惩罚在日常生活中很难实施，因为很难保证对自闭症孩子的每次行为进行干预。在实施连续惩罚，行为反应减少之后，间歇惩罚可能足以维持一个行为在社会中可以接受的频率。老师和家长要注意的是，在使用间歇惩罚之前，应该先用连续惩罚来减少问题行为，达到可接受的水平。
