目前为止，临床还没有发现听觉统合治疗后，孩子产生明显的损害及长期的不良影响。但部分孩子确实会出现短期的不良反应，这些可能是由于刺激水平调节不当产生的。
有的孩子出现了多动不安的表现，如烦躁不安，兴奋，躁动，自言自语，重复语言增加，刻板动作增加，捂耳朵现象增加，唾眠减少等多种表现。也有孩子出现了情绪波动变大的情况，如情绪易激动，易哭泣， 容易疲劳， 容易低落，食欲降低。
这些不良现象都是因为听觉刺激水平不合适孩子，或者孩子对特定听力刺激适应不良而导致的。因为孩子不适应这些刺激的时候，这样的听觉刺激是会带来“痛感”的，因此当孩子静坐半小时接受听觉统合训练就如同接收了半小时的鞭打，出现上述的不良表现，反而是孩子为了保护自己的合理表现。
理论上说，这些不良现象、不良反应在治疗过程中及治疗后，将会逐渐减少或消失。如果问题没有消失，并且延续下来，那么家长就需要及时进行不良行为干预，重新考虑孩子听觉系统发展的水平以及治疗师评估失误的可能。
在听觉统合训练期间，为了维护疗效，应该避免孩子听过于响亮、刺耳的音乐或声音。家长应及时记录孩子听觉统合治疗前、中、后的行为改变，任何不寻常的表现都应被录入改变评估记录中，以便治疗师随时进行治疗方案的修改。
因此，针对听觉存在明显异常表现的孩子，听觉统合治疗还是有一定的价值进行尝试。它可以有效帮助孩子学习过滤生活中杂乱的听觉信息。而一部分孩子存在其他感知觉通道问题的，如触觉过敏，则不太适合接受听觉统合治疗，感觉统合训练也许可以帮上更多的忙。
