自闭症ABA疗法中，行为连锁训练的方法包括以下几种：
一、顺向连锁训练
按照行为在自然情境下发生的先后顺序来教导自闭症孩子。也就是说，如果将一项工作分为5个步骤，并使用顺向连锁训练来教导孩子习得这项工作，那么只需要教导孩子完成步骤1，即可给予强化之后（待步骤1孩子已熟练掌握后）孩子需要连续完成步骤和步骤2，才能得到强化；之后是步骤1、步骤2和步骤3……直到孩子掌握所有步骤，即习得此项工作。
使用顺向连锁的优势在于：我们可以很好地将小的行为单位的连锁，联结成大的单位的连锁，并且顺向连锁之间的关系简单，操作方便，便于老师在一对一或课堂等情境下使用。
二、逆向连锁训练
工作分析系统是以相反的顺序进行安排的，老师由最后一个步骤开始训练，以逆向的方式，逐步引导自闭症孩子练习每个行为步骤，直到工作分析中的所有步骤都达到标准，孩子即习得了行为。也就是说，同样将一项工作分解为5个步骤，并使用逆向连锁进行训练时，首先，孩子只需独立完成最后一个步骤（步骤5步骤1-4由老师完成），即可得到强化，之后（待步骤5孩子已习得后）老师引导孩子完成步骤4，孩子需要连续独立完成步骤4和步骤5，才能得到强化……直到孩子习得所有步骤，即习得此项工作。
使用逆向连锁的优势在于：自闭症孩子在每次行为连锁的训练中都会接触到最终的强化物，也就可能会被最终的结果所强化。因此孩子可以立即获得强化后效，有利于发展行为的功能关系。
三、全工作连锁训练
这是顺向连锁训练的一种变化形式，指的是自闭症孩子会同时接受训练一项工作的5个步骤，当其中的某个步骤无法独立完成时，老师会给予辅助，直到孩子可以独立正确地执行全部步骤，即习得此项工作。
哪种情况下适合使用全工作连锁训练来教导行为呢？通常来说，当自闭症孩子已经可以单独完成目标任务连锁中的许多项目（比如某项工作分为5个步骤，孩子已经可以单独完成3-4个项目），而学习的重点是如何依照顺序完成此项任务，并且孩子具有模仿能力时，建议使用全工作连锁训练。另外，使用全工作连锁训练教导的任务不应太长或太复杂。
