在所有自闭症谱系患者中，约有40％的患者患有重度焦虑症，但焦虑症却不是确诊为自闭症谱系障碍的标准之一。“焦虑”这一词不但充斥在自闭症谱系障碍患者的生活当中，也影响了自闭症谱系患者与社会互动的方式。可是，自闭症与焦虑症却很难划分出一条清晰的界线，也因此很多自闭症患者苦于寻找可以降低焦虑症的方式。
“焦虑”是一种害怕、忧虑和紧张的情绪状态，某些情况下，焦虑是属于人正常的生理反应，而“焦虑症”和“焦虑”不同之处在于患者通常没有明显的原因下也会有极度、持久的恐慌、不安的感觉，“焦虑症”也可能成为日常生活的主要障碍。
许多患有焦虑症的人有异于常人的恐惧或看法，这些看法与现实生活中的情况相去甚远，但是，无论焦虑的根源是否是现实生活的情况所引起的，焦虑都可能导致恐慌症发作、情绪低落或自残等症状。
常见的焦虑问题，包括：
★ 社交恐惧症
★ 广泛性焦虑症
★ 恐慌症
★ 恐惧症
★ 分离焦虑症
虽然社交恐惧症是最常见的，但不论是哪种类型的焦虑，对自闭症患者来说都是一种挑战，但，要如何分辨出是焦虑症还是自闭症是最为困难的，倘若对自闭症患者没有足够的时间与耐心，通常很难将自闭症的行为与焦虑症分开，就像受到感官的刺激而产生的自伤行为是否真的是焦虑症，或仅仅只是自闭症的症状。
自闭症患者普遍存在着焦虑症，曾有一些研究表明，较高的智商和较高的年龄与自闭症谱系障碍的患者的焦虑感之间存在相关性，因为，自闭症患者即使在熟悉的环境中也常常表现得焦虑不安。在许多情况下，这可能表明焦虑仅仅是自闭症谱系障碍的一部分。
自闭症患者通常会面临以下挑战：
1感官敏感
对于许多自闭症患者而言，明亮的灯光、嘈杂的声音和大批人群可能会造成身体上的痛苦。这些刺激存在在外在环境的每一个角落，如学校、公交车、街道、电影院、商场等等，也就是说，自闭症患者每天都会遭受感官刺激的可能性非常的高，这些因素可能是引起他们焦虑的原因。
2霸凌
因为自闭症患者所表现出来的行为与许多同龄人不同，这样的差异不可避免的会受到一定程度的霸凌或嘲讽。此外，许多自闭症患者也很难区分他人的行为是否是霸凌或者只是开玩笑，这也是自闭症患者比一般人还要更容易受到无意或有意的攻击。
3沟通挑战
自闭症患者可能很难顺利的表达出自己想表达的，即使是肢体语言可能也难以让他人理解，这意味着，许多自闭症谱系患者花了很多时间在理解自己所说话，他人能不能听得懂，同时自闭症谱系障碍的患者也希望其他人可以理解他们，如此一来，也会让自闭症患者引起许多焦虑。
4社交挑战
自闭症谱系帐的患者中很少有人能够准确的衡量复杂的社会状况并做出适当的反应。在正式的环境中（如打招呼，握手），这样制式般的社交规则相对容易，但是若是要自闭症患者分辨对方是否邀请进入群体对谈则相对困难，自闭症患者若知道自己无法理解这些社交情况时会非常的焦虑，且能会做出错误的猜测，最终无意的伤害到某人，或者被同侪取笑。
自闭症症状 v.s 焦虑症症状
自闭症患者诊断焦虑的最困难方面之一是在现实生活中，自闭症症状与焦虑症的症状非常相似，比如：一遍又一遍的摇晃、轻轻弹跳、说或做同样的事情、坚持行程表中的例行公事、避免社交活动。
在某些情况下，这些行为是自闭症用来让自己纾缓紧张的情绪，但也确实反映了对焦虑的反应。但是，在其他情况下，这些行为似乎与焦虑无关，它们只是自闭症的一部分。
另一个问题是，许多患有自闭症的人很难与他人交流自己的情绪状态。许多自闭症患者都是无口语的，有些则是很少用语言表达，即使是口语表达能力较好的自闭症患者，也可能很难辨别及描述自己焦虑的情绪状态。
虽然，自闭症患者的焦虑症很难被辨别出，但身为自闭症患者的照顾者还是必须密切注意可能会感到焦虑的行为和迹象，如果自闭症患者正处在焦虑的情况，则可能表现出：
★ 表现出恐惧或忧虑
★ 不愿离开家
★ 出汗或晃动
★ 比平常有更多的情绪崩溃或异常沮丧
★ 开始表现出攻击性或自伤的行为
★ 拒绝进入某些地方或房间
★ 将手放在眼睛或耳朵上
★ 出现异常跳动（比平常更多或喃喃自语）
值得注意的是当自闭症患者的焦虑症状减少了，其自闭症行为会相对的减少，但这并不代表自闭症患者的“焦虑”就完全消失了，因为“焦虑”只是自闭症症状的一部分，而不是全部。
