ABA疗法在被全世界自闭症康复机构所推行的同时，也受到了一些批评和质疑。有人批评ABA过于僵化、死板，这是最常见的批评。其实，这是一种误解。
无论是从依据的理论还是各策略上来看，ABA疗法都和“僵化、死板”的评语不搭界。相反，ABA强调的是根据每个自闭症孩子的特点和需要，随时对教学和干预方法做出调整，以便有针对性地解決问题。千人一面的计划、简单机械的重复，不是ABA的特点，而是它的大敌。批评ABA僵化、死板的人，很可能犯了错误，将其等同于“回合试验教学”（DTT）。
“回合试验教学”是在ABA原理的基础上发展出来的一套教学模式。它具有相对固定的程序和步骤，虽然看上去有点机械，但是这些程序和步骤不是要100%严格遵守的“操作规程”，而仅仅是大体框架。真正领会ABA原理的人，在进行DTT教学时都会融入一些变化，依据情况做出适当的调整，而不会一遍遍重复同样的操作步骤。所以，没有僵化死板的ABA，只有将ABA做得僵化死板的人。
类似的批评还有：ABA的教学过于密集，强度太大，不够“人性化”。其实，应当接受这种批评的也不是ABA本身，而是把它做得不够“人性化”的人。并不是每周做够多少个小时才能有效果，重要的不是时间，而是效率。
此外，有人批评ABA疗法过于重视实物强化手段，使教育过程像在训练动物，不够自然。这种批评是有道理的，但只在自闭症治疗师犯了如下错误时才成立：
1、忽略了社会性强化以及活动强化等其他形式；
2、忽略了ABA疗法强调的“强化的淡出”，也就是从较多的强化，过渡到较少的强化，甚至没有强化；
3、对ABA疗法重视的“自然强化手段”视而不见。
其实，只要正确理解了强化物的意义和作用，用好社会性强化、活动性强化，注意强化的淡出，注意使用自然的强化物，ABA疗法不是“训练动物”。正确认识和了解强化物及强化策略，才能科学使用这种疗法。
